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Dear colleagues in amphibian health, 

  As you know, researchers and diagnosticians around the world are running PCR tests looking for the presence of emerging amphibian pathogens, particularly those notifiable to the OIE. Standardization of methodologies is difficult, and it is even more difficult for laboratories to acquire a certification such as that granted by organizations like the American Association of Diagnostic Veterinary Laboratories or ISO committees. The Diagnostics Working Group of the North American Bsal Task Force, with funding support from Environment and Climate Change Canada, is following up on an effort to provide an accessible method for quality control/quality assurance (QC/QA) to laboratories working on amphibian pathogens. We will conduct a PCR ring test (round robin) for emerging amphibian pathogens that will allow participating laboratories to confidentially evaluate the quality of their results, be it for diagnostic or research purposes. Participation is voluntary and open to all laboratories currently running tests for the target pathogens.

  Briefly, a set of 16 blinded randomized samples will be shipped to each participating laboratory, at no cost, to undergo testing for Batrachochytrium dendrobatidisB. salamandrivorans and Ranavirus sp. The samples will consist of cotton swabs infused with inactivated zoospores of the chytrid fungi and/or inactivated Ranavirus sp (Frog virus 3), at varying concentrations, as well as blanks. A set of samples will be shipped to a contact person in each participating laboratory who will agree to perform the tests (and absorb their reagent costs) and upload their results to a website portal within 3-5 weeks of receiving the material. Tests will be run and interpreted as per each laboratory’s standard operating procedures. They may be run singly or in triplicate (the latter being recommended). Participants will report their results “positive” or “negative” and, if run by qPCR, include their respective Cq (Ct) values and estimated copy numbers. A subset of participants will be asked to run the tests both with their in-house standards and those provided by us. Once the round robin is closed, results will be compiled, tabulated and analyzed by comparing each laboratory’s results against the known composition of the samples and against other laboratory’s results. Each laboratory will be informed of where its results stand  in comparison to other laboratories, but the standings of individual laboratories will remain confidential. A summary of all results (maintaining confidentiality regarding individual laboratories) will be posted on the Diagnostics Group page of the Bsal Task Force’s website after all participants have had a chance to review their individual feedback. 

  We realize this may not be an ideal time to conduct this round robin, with the world in the midst of a pandemic, but we hope those laboratories who are able to continue testing will consider participating. We expect to ship the sets of blind samples in early November 2020, and expect laboratories to provide their results by early December, at the latest. 

  Please contact me (María Forzánmaria.forzan@liu.edu) if you are interested in participating, or if you have any questions or comments regarding the way in which the ring test is to be conducted.  It is CRUCIAL THAT YOU REPLY to this message BEFORE September 30th, 2020, so the total number of participating laboratories can be determined and the appropriate number of testing tubes prepared.  

  For information on a pilot round robin conducted in 2016, please go to our website: www.diagnostics.salamanderfungus.org

  Please share this message to any colleague who you think may be interested in participating.

  Thank you

A todos los colegas trabajando en enfermedades de anfibios: 

Como ustedes saben, laboratorios de investigación y diagnóstico alrededor del mundo corren pruebas de PCR para detectar la presencia de microorganismos patógenos causantes de enfermedades en anfibios. Entre ellos están los patógenos de reporte obligatorio a la OIE: las dos especies de quitridio y las múltiples sepas de ranaviruses que causan mortalidades en anfibios, tanto de vida libre como en cautiverio.  Los métodos usados en cada laboratorio varían, lo cual dificulta comparar resultados obtenidos en distintos laboratorios. Pocos son los laboratorios que cuentan con una certificación de organismos nacionales o internacionales, como los de la Organización Internacional de Normalización (ISO). Con el fin de proporcionar acceso a un control de calidad que sea práctico y accesible a todos los laboratorios trabajando con patógenos de anfibios, el equipo enfocado al diagnóstico del grupo de trabajo Bsal de Norteamérica, con el apoyo de Environment and Climate Change Canada, ha organizado una prueba de anillo (round robin, en inglés) para los laboratorios que corren pruebas PCR para patógenos emergentes que afectan a los anfibios. La prueba de anillo ayudará a los laboratorios participantes, ya sean de investigación o diagnóstico, a evaluar sus métodos y la calidad de sus resultados de forma voluntaria y confidencial. 

En breve, 16 muestras serán enviadas de manera gratuita a cada laboratorio participante, para que corran las pruebas de PCR para detectar Batrachochytrium dendrobatidisB. salamandrivorans y Ranavirus sp. Las muestras consistirán en hisopos de algodón con esporas de una o ambas especies de quitridio y/o partículas de FV3 (especie tipo del género Ranavirus). Tanto las esporas como las partículas de FV3 estarán inactivadas, y presentes en varias concentraciones o completamente ausentes (muestras en blanco). Un juego de muestras será envida a la persona que funja como contacto para el laboratorio participante y quien se encargará de corren las pruebas y reportar los resultados. Cada laboratorio participante se comprometerá a cubrir el costo interno de correr las pruebas y a reportar sus resultados 3-5 semanas después de recibir las muestras. Los laboratorios participantes correrán las pruebas de PCR e interpretarán los resultados en base a sus propios procedimientos, los que ocupan rutinariamente en el cumplimiento de sus labores. Las pruebas pueden correrse una o varias veces, dependiendo del procedimiento de cada laboratorio, aunque se recomienda sean corridas en triplicado. Los participantes reportarán sus resultados como “positivo” or “negativo” y, si usan el qPCR, incluirán los respectivos valores de Cq (Ct), y lo que estiman es la concentración de patógeno(s) en cada muestra. Un pequeño grupo de participantes recibirá un juego de estándares para correrlo en paralelo con sus estándares habituales. Una vez que se cierre la prueba de anillo, los resultados de todos los participantes serán analizados, comparando cada laboratorio con todos los demás, y con la composición y concentración original de cada muestra. Cada laboratorio recibirá un reporte comparando sus resultados con los resultados de los demás participantes en forma anónima, de manera que los resultados de otros laboratorios se mantendrán completamente confidenciales. Una vez que todos los participantes hayan tenido tiempo de revisar sus resultados, un resumen general, presentado de manera que impida la identificación individual de los laboratorios, será divulgado por medio de la página de internet del equipo de diagnóstico del grupo de trabajo Bsal de Norteamérica. 

Aun cuando este no es un momento muy propicio para organizar pruebas de anillo, al estar en mundo en medio de una pandemia, esperamos contar con la participación de laboratorios que hayan podido mantener sus funciones durante este momento tan difícil. Planeamos enviar las muestras a principios de noviembre, 2020, y contamos con que los participantes reporten sus resultados a principios de diciembre. 

Por favor comuníquense con María Forzán (maria.forzan@liu.edu) si están interesados en participar, o si tienen alguna pregunta o sugerencia sobre la forma en que hemos organizado la prueba de anillo.  Es VITAL QUE RESPONDAN a esta llamada ANTES del 30 de septiembre 2020, cuando finalizaremos la lista de participantes y empezaremos a prepar la cantidad de muestras necesarias.  

Para información sobre el programa piloto que organizamos en el 2016, visiten nuestra página de internet: www.diagnostics.salamanderfungus.org